O SNPCE integra o Conselho Nacional de Planeamento Civil de Emergência, órgão colegial de coordenação e apoio ao Governo, presidido pelo presidente da Autoridade Nacional de Emergência e Protecção Civil (ANEPC) e directamente dependente do Primeiro-Ministro ou, por delegação, do Ministro da Administração Interna. A ANEPC, que assumiu a responsabilidade de assegurar a representação portuguesa no Comité de Planeamento Civil de Emergência da NATO, assegura o planeamento e coordenação das necessidades nacionais nessa área.

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